Die im Untergrund liegenden Teile der Bauwerke sollen bei Bedarf nach Erfahrung und Stand von Wissenschaft und Technik wasserdicht ausgebildet werden. Hierbei ist eine Abdichtung direkt am Bauwerk vorteilhaft, da bauwerksferne Abdichtungen im Ereignisfall zu einer Beeinträchtigung des Grundwasserleiters zwischen Bauwerk und bauwerksferner Abdichtung führen können. Zudem bietet die Abdichtung am Bauwerk den Vorteil, dass die Rückhaltung von austretenden Stoffen im Bauwerk selbst erfolgt und diese nicht in die Umgebung des Bauwerks gelangen.
Für die nicht für den nuklearen Betrieb genutzten Gebäude sind je nach Bedarf an der Bodenplatte und den Kellerwänden entsprechende Abdichtungsmaterialien (z. B. Bitumen, Polymerbitumenbahnen, kalt selbstklebende Bitumendichtungsbahnen) mit langzeitbeständigen Schutzschichten, die vor mechanischer Beschädigung schützen, und wasserunlösliche Beschichtungen (z. B. Bitumendeckbeschichtungen, Bitumenvoranstrich) anzubringen (sog. System "schwarze Wanne") sowie zusätzliche Drainagesysteme zur Ableitung des Wassers einzubauen. Alternativ kann wasserundurchlässiger Beton in den Untergeschossen angewendet werden (System "weisse Wanne").
Eine Kombination einer wasserundurchlässigen Betonwanne mit Abdichtungslagen wird nach Bedarf für die für den nuklearen Betrieb genutzten OFA-Gebäude gegen das Eindringen von Wasser vorgesehen. Dafür werden die Untergeschosse als armiertes, wasserundurchlässiges Betonkonstrukt mit einer ausreichenden Wand-/Bodenstärke ausgebildet. Durch die zusätzliche Abdichtung mit einer Frischbetonverbundfolie bis über die Terrainkante, welche auf der Bauwerksaussenseite dicht mit dem Beton verbunden wird, ergibt sich das System der sogenannten "gelben Wanne".
Die Innenräume der für den nuklearen Betrieb genutzten Gebäude werden bedarfsgerecht gegen das Ausdringen von Stoffen durch die Betonwände mit speziellen Mehrfachbeschichtungen versiegelt. Diese Mehrfachbeschichtungen lassen sich einfach reinigen und sind beständig gegen chemische und mechanische Einflüsse. Innerhalb der Betonwanne gegebenenfalls austretende Flüssigkeiten werden somit immer aufgefangen und der fachgerechten Behandlung und Entsorgung zugeführt.
Alle Schachtbauwerke werden nach heutigem Stand mit einer Stahlpanzerung wasserundurchlässig ausgeführt (Kap. 3.4.1).
Niederschlagsentwässerungen von Dächern werden versickert oder in die Geländeentwässerung der OFA abgeleitet und mit Notüberläufen ausgestattet. Aussenflächen, auf welchen wassergefährdende Stoffe umgeschlagen oder gehandhabt werden, werden befestigt und bei Bedarf getrennt entwässert.
Die Geländeentwässerung der OFA wird so ausgelegt, dass Starkregenereignisse bedarfsgerecht nicht zu einer Überflutung des Geländes führen. Das Eindringen von Wasser in die Gebäude wird durch die entsprechende wasserdichte Auslegung der Gebäudeöffnungen (Tore, Türen, Fenster, Leitungsdurchführungen etc.) sowie ausreichende Höhe der Oberkanten aller Lichtschächte zuverlässig verhindert.
Bei Bedarf werden in den Ableitungssystemen zusätzlich Vorbehandlungsanlagen (z. B. Ölabscheider, Spaltanlage) oder Löschwasserrückhaltanlagen (z. B. Rückhaltebecken, Auffangwannen, Notfallschieber) eingesetzt.