Art. 62 Bst. c KEV fordert eine Angabe zu den Kosten. Zur Sicherung der Finanzierung der Entsorgung der radioaktiven Abfälle hat der Bund im Jahr 2000 den Entsorgungsfonds eingerichtet (Art. 77 KEG). Die Einzahlungen in den staatlich kontrollierten Fonds und die Rückstellungen der Eigentümer von Kernanlagen für die Entsorgung werden alle 5 Jahre auf Basis einer umfassenden Kostenstudie verfügt. Die aktuelle Kostenstudie ist von 2021 (KS21, swissnuclear 2021) und die nächste Kostenstudie wird turnusgemäss 2026 erstellt.
Die Verwaltungskommission des Fonds legt im Vorfeld der Kostenstudien jeweils die modellhaft zugrunde zu legenden Basisprojekte fest. Für die KS21 wurden ein SMA-Lager in der Standortregion Jura Ost und ein HAA-Lager in Zürich Nordost festgelegt. Die in der KS21 ermittelten Gesamtkosten für diese zwei Einzellager betragen 12.8 Milliarden CHF (Tabelle 21 (60 Jahre) swissnuclear 2021). Als Variante dazu wurde ein Kombilager in der Standortregion Zürich Nordost betrachtet. Für dessen Realisierung wurden Gesamtkosten von 11.1 Milliarden CHF ermittelt. Die Kostenstudie enthält vorgabengemässe Zuschläge. Da damit neben weiterem auch bedeutende Projektabweichungen von den Basisprojekten abdeckt werden, sind die Kosten für das geologische Tiefenlager am Standort Haberstal in der KS21 berücksichtigt.
Die Nagra beantragt Rahmenbewilligungen für ein geologisches Tiefenlager (Kombilager) mit Oberflächenanlage am Standort Haberstal und für eine Brennelementverpackungsanlage am Standort Zwilag. Als Konsequenz hat der Fonds dies als Basisprojekt für die KS26 vorgegeben. Damit werden in der KS26 die Kosten des geologischen Tiefenlagers nach vorgegebenen Standards ermittelt. Die lokalen Gegebenheiten werden hierbei berücksichtigt. So wird in der potenziellen Lagerzone nicht mehr mit Anordnungs- oder einlagerungsbestimmenden Störungen (Figur 2.2-1 in Nagra 2014b) gerechnet. Daraus ergeben sich im Vergleich zur exemplarischen Umsetzung (Fig. 1‑1) Anpassungen bei der Lagerfeldplatzierung und der Linienführung der Lagerfeldzugänge. Wesentlichen Effekt auf die Kosten haben die gegenüber der Variante Kombilager in Zürich Nordost grössere Tiefe des Tiefenlagers in Nördlich Lägern (Mehrkosten) sowie die externe Verpackung am Standort Zwilag (Minderkosten).
Die Ergebnisse der nächsten Gesamtkostenermittlung in der KS26 werden den Behörden vor Abschluss ihrer fachtechnischen Beurteilung der Rahmenbewilligungsgesuche (2027) vorliegen. Somit kann der Bundesrat seinen Entscheid zu den Rahmenbewilligungen (Mitte 2029) in Kenntnis des Entscheids des UVEK zur KS26 (Ende 2028) treffen.