Das Einlagern stellt eine zentrale Tätigkeit in der Gesamtanlage dar, worauf im Folgenden näher eingegangen wird. Für weitere Ausführungen wird auf Nagra (2024d) verwiesen. Zum Einlagern gehören die tatsächliche Einlagerung der radioaktiven Abfälle, das Verfüllen und der Verschluss der Lagerkammern¹¹. Gemäss gegenwärtiger Planung werden die Abfälle verpackt im Funktions­bereich «Einlagerung» in die Bereitstellungshalle angeliefert und dort für die Verbringung nach untertag bereitgestellt. Sie werden durch den Einlagerungsschacht in die UTA transportiert, durch den zentralen Bereich zu den Haupt- und Pilotlagern gebracht und dort eingelagert. Begleitend wird die Verfüllung der Lagerkammern eingebracht. Ist eine Lagerkammer verfüllt, so wird sie verschlossen. Mit dem Verschluss aller Lagerkammern ist die Einlagerung abgeschlossen.

Bei der Einlagerung sind Anforderungen der nuklearen Sicherheit (inkl. des Strahlenschutz) und der Sicherung (inkl. Safeguards) zu erfüllen, welche in Kap. 3.1 und 3.2 respektive in Nagra (2025e) beschrieben sind.

Die Auslegung für die Einlagerung geht gemäss derzeitiger Planung und modellhaften Annahmen von einem Durchsatz von ca. 800 SMA-Endlagerbehältern und ca. 200 HAA-Endlagerbehältern pro Jahr aus. Mit diesem Durchsatz lässt sich das heute realistisch erwartete Inventar (Nagra 2023c) in je rund 15 Jahren in den jeweiligen Lagerteilen sicher einlagern.

Zum Betrieb gehören auch die Tätigkeiten Bestätigen, Beobachten und Verschliessen sowie die bauliche Erhaltung als Hintergrundtätigkeit für die Gewährleistung der Zuverlässigkeit der Gesamtanlage. Aus bereits erstellten konventionellen Übertage- und Untertagbauwerken existiert eine breite Erfahrung und der konventionelle Betrieb wird im gTL gemäss Stand der Technik umgesetzt.