Innerhalb des vorläufigen Schutzbereichs bildet der Obere Malm in einer Tiefe zwischen rund 400 m und 700 m u.T. den regionalen Tiefenaquifer (Felsaquifer) über den Wirtgesteinen Opalinuston (Nagra 2024e) mit durchschnittlichen Durchlässigkeiten auf Formationsskala von 10-9 m/s (Werte bis 10-7 m/s; Nagra 2024e).
Westlich von Eglisau, in rund 3.4 km nordöstlicher Distanz zum Projektperimeter (vgl. Fig. 5‑6), sind vier tiefe Grundwasserfassungen vorhanden, welche ursprünglich zur Mineralwassergewinnung gebohrt wurden, jedoch heute nicht mehr genutzt und grösstenteils stillgelegt wurden. Das Mineralwasser aller vier Bohrungen entstammt besser durchlässigen, sandreicheren Zonen der USM. Die wasserführenden Schichten befinden sich zwischen 52 – 76 m u.T. und 109 – 121 m u.T. (Eglisau II) resp. zwischen 70 – 141 m u.T. (Eglisau III).
Die Thermalquellen Lottstetten-Nack (D) werden durch den Malm-Aquifer gespeist (rund 590 m u.T.). Die Quellen werden heute nicht mehr genutzt. Lokal konnte mittels Vergleichen von Wasserproben verschiedener Tiefengrundwässer nördlich und südlich des Rheins gezeigt werden, dass sich die Grundwassertypen nördlich («offener Karst» des Sündrandens, dazu gehört Lottstetten-Nack) und südlich des Rheins (z.B. Benken und Schlattingen) massgeblich unterscheiden (Kap. 13.2, Waber & Traber 2022). Das Tiefengrundwasser von Lottstetten-Nack entspricht einem Na-HCO3-Typ und weist eine ungleich kürzere mittlere Verweilzeit von 7'000 – 12'000 Jahren auf als die älteren Na-Cl-Typ Tiefengrundwässer mit einer Verweilzeit von > 11'700 Jahren, die südlich des Rheins auftreten. Das Tiefengrundwasser von Lottstetten-Nack weist demzufolge auf ein jüngeres Fliesssystem hin, welches das ältere, generell von Süden nach Norden gerichtete System überprägt und zumindest bis zur Vorflut des heutigen Rheins zurückdrängt. Die Interpretation der hydraulischen Daten weist zudem darauf hin, dass keine Kommunikation der Thermalquelle Lottstetten-Nack mit den südlich des Rheins gelegenen, älteren Na-CL-Typ Grundwässern besteht (Gmünder et al. 2014). Die beiden Grundwasserregionen sind daher mit grosser Wahrscheinlichkeit vollständig hydraulisch entkoppelt. Die Thermalquellen Lottstetten-Nack (D) befinden sich ca. 11 km nördlich des Standorts. Eine Beeinflussung kann aufgrund der grossen Entfernung und des Fliesssystems ausgeschlossen werden.
Die relevanten Aquifere für die Fassungen der Thermalkurorte Baden und Bad Zurzach befinden sich im Kristallin resp. Muschelkalk, welche durch mächtige Aquitarde (Grundwasserstauer) von den Zugangsbauwerken hydraulisch entkoppelt sind und nicht durchfahren werden. Daher sind sie nicht projektrelevant und werden nicht weiter betrachtet.