Während der Betriebsphase ist hauptsächlich mit Verpackungsmaterialien und Mischabfall zu rechnen (vgl. Kap. 4.6.2). Betriebsabfall wird fach- und vorschriftsgerecht verwertet resp. Entsorgt. Siedlungsabfall wird einer Kehrichtverbrennungs- resp. -verwertungsanlage zugeführt. Für die Betriebsphase braucht es daher kein spezifisches Abfall- und Materialbewirtschaftungskonzept.
Umschlag und Behandlung radioaktiver Abfälle fallen unter das StSG (1991) und werden im Transportkonzept (Nagra 2024c) resp. im Sicherheitsbericht (Nagra 2025c) behandelt.